Nouvelles approches de phénotypage pour la sélection animale - Institut Agro Rennes-Angers Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue INRA Productions Animales Année : 2011

Nouvelles approches de phénotypage pour la sélection animale

Résumé

Phenotyping requires measuring traits chosen for their socio-economic importance or their cognitive value. Needs for phenotyping depend on the trend in breeding methods and production systems, and also on technological developments allowing for high throughput standardised approaches at a reasonable cost. Considering animal breeding, implementation of genomic selection introduces the concept of reference population, where specific phenotypes not routinely available can be obtained to associate genetic markers with performance. Association between markers and phenotypes also open the way towards individual diagnostic to support herd management. Robotics and individual electronic identification require important investments but offer quite new prospects for phenotyping traits such as feed efficiency or behaviour. Complementary tools are provided by technological developments in functional genomics and by spectral analysis of proteins, which can unravel underlying mechanisms and refine the definition of phenotypes at the molecular scale. The concept of biomarker has emerged in human medicine in order to predict phenotype and is expected to be applied also to farm animals. The closer the phenotyping is from the biological mode of action, the more accurate will be the detection of genes determining phenotypic variation. More particularly, the search for genome regions controlling gene expression (eQTL) makes possible to explore the mechanisms responsible for the variability of complex traits. Great progress can thus be expected for the identification of genes underlying QTL thanks to simultaneous improvements in phenotyping and genome sequencing.
Le phénotype correspond aux valeurs mesurables prises par des caractères choisis pour leur intérêt socio-économique ou cognitif. Lesbesoins de phénotypage dépendent de l'évolution des méthodes de sélection et des systèmes d'élevage ainsi que des développements technologiquespermettant une approche standardisée, à haut débit et automatisable. En matière de sélection animale, la mise en place de lasélection génomique introduit le concept de population de référence sur laquelle des phénotypes difficilement mesurables en routine peuventêtre obtenus pour établir les relations entre marqueurs génétiques et performance. L'association marqueurs-phénotype ouvre égalementla voie au diagnostic individuel en appui à la gestion du troupeau. La robotisation et l'identification électronique individuellesupposent des investissements importants mais offrent des perspectives très nouvelles pour le phénotypage de caractères comme l'efficacitéalimentaire ou le comportement. De façon complémentaire, les technologies de génomique fonctionnelle et l'analyse de l'empreinte spectraledes protéines permettent d'accéder aux mécanismes sous-jacents et d'affiner la définition du phénotype à l'échelle moléculaire. Leconcept de biomarqueur capable de prédire le phénotype est en plein essor en médecine humaine et pourra aussi s'appliquer aux animauxd'élevage. Plus le phénotypage sera proche du mécanisme d'action, plus la détection des gènes contrôlant la variation du phénotype seraprécise. En particulier, la recherche de régions du génome (eQTL) contrôlant l'expression d'un gène permet d'explorer les mécanismesresponsables de la variabilité de caractères complexes. On attend donc de grands progrès dans l'identification des gènes qui sous-tendentles QTL grâce aux progrès conjoints du phénotypage et du séquençage du génome.
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Identifiants

  • HAL Id : hal-01189574 , version 1
  • PRODINRA : 49392
  • WOS : 000299191400011

Citer

Sandrine Lagarrigue, Michèle Tixier-Boichard. Nouvelles approches de phénotypage pour la sélection animale. INRA Productions Animales, 2011, 24 (4), pp.377-386. ⟨hal-01189574⟩
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